潔凈車間通常允許有±4到6華氏度的溫差變化，在普通人眼中這是一個很容易達到，且易于維持的數值。然而并非如此，如果潔凈車間內沒有硬墻和氣閘裝置，想要做好溫度控制也并不容易，需要仔細評估這些項目的誤差范圍。
想要精準控制潔凈車間內的溫度，可以通過局部自動調溫器來實現。把它安裝在風管的局部再熱或再冷盤上就能有效控制室內溫度了。此外，如果使用風機盤管裝置，它還可以有效控制本區域內盤管出口空氣的溫度。
還有一點要注意，溫度控制與裝修設計費用有著密切關聯。如果潔凈車間有著嚴格的溫度控制要求，如溫度要控制在±0.1華氏度，那么裝修設計費用要比溫度要控制在±2華氏度要高出20%-50%。
