二維聚丙烯酰胺凝膠電泳技術結合了等電聚焦技術(根據蛋白質等電點進行分離)以及SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳技術(根據蛋白質的大小進行分離)。這兩項技術結合形成的二維電泳是分離分析蛋白質*有效的一種電泳手段。
通常**維電泳是等電聚焦,在細管中(φ1~3 mm)中加入含有兩性電解質、8M的脲以及非離子型去污劑的聚丙烯酰胺凝膠進行等電聚焦,變性的蛋白質根據其等電點的不同進行分離。而后將凝膠從管中取出,用含有SDS的緩沖液處理30 min,使SDS與蛋白質充分結合。
將處理過的凝膠條放在SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳濃縮膠上,加入丙烯酰胺溶液或熔化的瓊脂糖溶液使其固定并與濃縮膠連接。在**維電泳過程中,結合SDS的蛋白質從等電聚焦凝膠中進入SDS-聚丙烯酰胺凝膠,在濃縮膠中被濃縮,在分離膠中依據其分子量大小被分離。
對細胞提取液進行雙向電泳時可分辨出1000~2000個蛋白分子,也有報道說能夠分辨出5000~10000個蛋白斑點。這些報道的數據與細胞中正常存在的蛋白分子的數量很接近,因此可以說蛋白質雙向電泳的分辨率較高,可以直接用于檢測細胞提取物中單個蛋白分子。

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